MovableTypeの公式ページに解説がありました。

エントリーを分類・整理する方法として、カテゴリーに加え、エントリー・タグがあります。

カテゴリーとエントリー・タグの違いですが、カテゴリーは、見出し用紙のように、トップダウン型に整理することが得意です。また、カテゴリー・アーカイブのように、特定のテーマのページを生成することができます。エントリー・タグは、付箋紙のように、いつでも自由に追加したり、外すことができるボトムアップ型の整理の方法です。議事録、製品情報、プレス・リリースというように、エントリーの種別はカテゴリーを、製品名や関連技術といったエントリーに関連する情報をエントリー・タグでと、使い分けることができます。

う～ん全然わからん。（汗）

どう違うんでしょう。